Изображения Христа Вседержителя с предстоящими Ему в молитве Богоматерью и Иоанном Предтечей получают распространение в искусстве византийского мира с X–XI веков. На русской почве они известны под названием деисусов («деисис» в переводе с греческого – моление, прошение). Главным их содержанием является тема Второго пришествия и Страшного суда – Христос выступает здесь как Вседержитель и Судия, а представленные по сторонам от Него Богоматерь и Иоанн Креститель возносят прошения о спасении человеческого рода. Вместе с тем Деисус мог пониматься и как символический образ Церкви, пребывающей в молитве перед своим главой – Христом, особенно в тех случаях, когда к трем центральным персонажам в определенном порядке (по типам подвига) добавлялись изображения других святых. В пользу такого толкования свидетельствует практика поминовения святых по чинам на литургии, которое начинается, как правило, с Богоматери и Иоанна Предтечи.

Именно эсхатологическая и литургическая символика предопределила включение подобных изображений в декорацию алтаря и предалтарного пространства византийских и древнерусских храмов. Уже в XI–XII веках деисусные иконы вытянутого по горизонтали формата могли ставиться поверх алтарных преград, непосредственно над Царскими вратами. К числу подобных икон, появление которых стало первым шагом на пути формирования высокого иконостаса, вероятно, принадлежал и «Деисус» из собрания Третьяковской галереи. Известно, что в первой половине XVII века он находился как раз в иконостасе, в Успенском соборе Московского Кремля, севернее Царских дверей. Позже эту икону поместили на южную стену собора, над ракой митрополита Филиппа II, где она располагалась вплоть до 1920-х годов.

Хотя первоначальное происхождение иконы остается неизвестным, ее обычно связывают с владимиро-суздальскими землями и датируют временем с конца XII до первой трети XIII столетия. Подобные колебания можно объяснить переходным характером стиля, что проявляется, в частности, нюансами в трактовке образов. Лик Богоматери отличается плавными контурами, обобщенным рельефом и даже массивностью форм, которые, наряду с яркостью и насыщенностью цветовых моделировок, сближают «Деисус» с произведениями византийского круга раннего XIII века. В то же время активные линейные разделки лика Иоанна Предтечи и одухотворенность его аскетического облика ассоциируются прежде всего с искусством позднего XII столетия. И все же монументальность всех трех образов, включая самый светоносный из них образ Христа, внутреннее спокойствие и ясность, как и сплавленная фактура письма, обнаруживают бесспорное сходство с живописью начала XIII столетия, и прежде всего с росписями церкви в Студенице в Сербии, созданными столичными византийскими мастерами в 1208–1209 годах.

В Успенский собор Московского Кремля «Деисус» попал, вероятно, в XVI столетии – либо в 1518 году, когда несколько древних икон было привезено из Владимира в Москву для поновления, либо позже, уже при царе Иване Грозном. По мнению большинства исследователей, эта икона была создана в русской мастерской, в которой работали как местные, так и приезжие греческие живописцы. Наиболее вероятным местом существования такой мастерской является Владимир, где при князе Всеволоде Большое Гнездо художественная жизнь достигла необычайной активности.