Воцарение династии Годуновых ознаменовало начало Смутного времени в России. В 1605 году после внезапной смерти царя Бориса ему наследовал шестнадцатилетний Фёдор, сын Годунова и Марии Скуратовой-Бельской (дочери Малюты Скуратова). Он властвовал всего два месяца и был жестоко убит 10 июня 1605 года.

Лжедмитрий направил из Тулы в Москву князей Василия Голицына и Василия Рубца-Мосальского, приказав им лишить жизни основных претендентов на престол: юного Фёдора и его мать. Сложная по композиции динамичная сцена борьбы развивается прямо в домовом храме. На переднем плане картины Маковский изображает царевну Ксению, склонившуюся над убитой матерью. Юный Фёдор запечатлен в момент, когда силы окончательно покидают его. Но для живописца важно, что царевич умирает с достоинством. Художник противопоставляет вечности бренность и суетность земной жизни. Ужас происходящего воплощен в молчаливых ликах святых, взирающих на эту сцену. Официально было объявлено, что наследники отравились. Тела их выставили напоказ. Из Архангельского собора вынесли гроб Бориса и перезахоронили на погосте Варсонофьевского монастыря в Москве. Там же захоронили и его семью – без отпевания, как самоубийц. Лжедмитрий опасался въезжать в Москву до смерти наследников Годунова. После их уничтожения он безнаказанно надругался над оставшейся в живых дочерью Бориса красавицей Ксенией и насильно постриг ее в монахини.

Борис основательно готовил сына продолжить династию Годуновых, и Фёдор мог бы стать достойным царем. Но «святая кровь Димитриева <…> требовала крови чистой, и невинные пали за виновного, да страшатся преступники и за своих ближних!» – слова древних летописцев приведены в «Истории государства Российского» Николая Карамзина.

В 1862 году Маковский был награжден за картину малой золотой медалью Императорской Академии художеств и допущен до конкурса на большую золотую медаль. Но участия в нем он не принял, так как в 1863 году присоединился к знаменитому «бунту 14-ти» – демонстративному выходу из Академии четырнадцати претендентов на золотые медали в знак протеста против рутинной системы обучения.