Характер Иуды чрезвычайно интересовал Ге. Вначале он дал своей знаменитой картине «Тайная вечеря» (1863, Государственный Русский музей) название «Уход Иуды», а в 1891 году, вновь обратившись к этому новозаветному персонажу, написал картину «Совесть. Иуда» (Ин. 18: 3, 12–13). Для Ге Иуда – не банальный предатель, а интересная, значительная личность, имевшая собственные политические взгляды. Своим поступком он желал спасти человечество. Новаторская трактовка образа Иуды была отмечена критикой: «Фигура на первом плане – это Иуда, но не тот грубый злодей, каким его рисовали многие. Нет, это величественный, исполненный мрачной красоты образ, в котором вы видите тип того энергического, живучего племени и народа, против черствого, жестко-практического и материального духа которого боролся Иисус. Это все иудейство <…> воплощенное в одном живом человеке, еще недавно избранном члене небольшого кружка реформаторов, но теперь разрывающим с ними связь, конечно, не вследствие мелкой обиды или копеечной жадности, а потому, что он с ними не мог сойтись <…> Посмотрите на это лицо: это отступник в полном значении слова, но это не тот мелкий шпион и предатель, который продал учителя за дешевую цену <…> Нет, тридцать серебряников играют тут роль простой формальности <…>» - писал критик Н.Д. Ахшарумов.

Если Иуда в «Тайной вечери» Ге – титаническая личность, то в картине «Совесть. Иуда» это человек, сломленный собственным поступком, муками совести, в нем уже нет ощущения своей правоты. Иуда в коконе плаща, облитый холодным лунным светом, словно превратившийся в соляной столб, – метафора больной совести. Он застыл, прикованный взглядом к Христу, ведомому стражниками на муки.

Ге начинал работу с поисков лица Иуды, ведь традиционно для искусства второй половины ХIХ века лицо – нерв картины, ее психологический центр, концентрированное выражение идеи: «...все держится на одном выражении лица Иуды – есть оно и есть картина, нет и нет картины…», - размышлял художник. В многочисленных предварительных набросках и живописном варианте композиции из собрания Художественной галереи Ханты-Мансийска Иуда обращен лицом к зрителю. Но потом Ге приходит к совершенно иному решению, представив фигуру Иуды со спины: «Дороги формы, как смысл духа. Лицо Иуды не важно и все попытки его выразить бесцельны и ни к чему не привели... Не в выражении лица Иуды [суть], а в том положении, которое неизбежно вытекает из его духовной деятельности... Нельзя Иуду понять, ежели не будет перед ним его преступления, смысл которого для него удаление [от] Идеала…».

Если рассмотреть «Страстной цикл» Ге, куда входит и картина «Совесть. Иуда», с точки зрения цветового решения, можно отметить, что к каждой работе цикла подобран свой цветовой камертон – слепящий лимонно-желтый в «Что есть истина?», винно-красное марево в «Суде синедриона», изумрудно-синий в «Совести», серая пыльная буря в «Распятии». Для Ге каждый цвет ассоциировался с определенным звуком. Он говорил своим ученикам: «А знаете, господа, что? Я нахожу ужасно много общего между красками и музыкой… когда смотрю на синий цвет, я чувствую какую-то тихую меланхолическую музыку, тогда как желтые и красные цвета настраивают меня совсем иначе. Один композитор в Питере хочет написать музыкальное сочинение к моему Иуде. Он мне говорил, что, когда смотрит на мою картину, он слышит лязг оружия, крик воинов и стон души потерянной совести...».