Врубель написал панно «Маргарита» в самом конце XIX века. Большая узкая картина вставлялась в деревянную обшивку стен готического кабинета в доме купца Алексея Викуловича Морозова во Введенском, ныне Подсосенском переулке. Знаменитый архитектор Федор Осипович Шехтель, оформляя заново особняк, принадлежавший еще отцу Морозова, заказал Врубелю пять панно на тему трагедии Гёте «Фауст» и одноименной оперы Шарля Гуно. В залах Третьяковской галереи «Маргарита» экспонируется среди трех других панно Врубеля, украшавших тот же кабинет. Пятое панно «Фауст и Маргарита в саду» не вошло в оформление кабинета, и его нынешнее местонахождение неизвестно.

Для эпохи символизма великий писатель и философ XVIII века Гёте стал культовой фигурой. Завораживающий, прекрасный и опасный мир далекого прошлого, столь отличный от прозаической современной действительности, неодолимо притягивал символистов. В драме «Фауст», основанной на немецкой легенде, Гете повествует о трагическом разрыве между безграничными стремлениями человека и его ограниченными возможностями. Молодой ученый Фауст жаждет все знать, все понять и все почувствовать. Заключив договор с дьяволом, назвавшимся Мефистофелем, Фауст переживает множество приключений и встречает свою любовь – прекрасную и чистую Маргариту. Но встреча, подстроенная дьяволом, не приносит влюбленным счастья. Фауст случайно убивает мать и брата Маргариты, а опозоренная девушка погибает в тюрьме. Символизируя ограниченность человека и трагическую власть неведомых сил, Врубель активно использует контуры, то и дело пытается их разорвать, но они возникают вновь.

На картине Врубеля Маргарита подавлена тяжелыми предчувствиями, печально глядит на нее Фауст с соседнего полотна. Панно «Маргарита» и «Фауст» висели на одной стене кабинета Морозова, разделенные аркой - проходом на второй этаж. Под ней вдоль стены располагалась лестница, поднимавшаяся от подножия картины «Фауст» к панно, изображавшему Маргариту. Чтобы освободить место для ступенек, Врубель написал Маргариту на укороченном холсте.

Образ Маргариты был близок Врубелю. В том же году, когда он создавал панно для особняка Морозова, Врубель женился на замечательной певице Надежде Ивановне Забелла. Драматично и блестяще исполняла она партию Маргариты в опере Гуно. Ее изящное и необычное лицо изображено на многих шедеврах Врубеля, в их числе «Царевна Лебедь», выставленная в том же зале музея.

На картине Врубеля Маргарита стоит в характерной позе певицы, ожидающей начала арии, к ее ногам брошены роскошные цветы. Фон картины напоминает театральную декорацию, выполненную в стиле модерн: плоские пятна пастельных и пепельных тонов окружены прихотливыми тягучими контурами, создавая декоративную плоскость. Гений Врубеля не вмещался в рамки одного стиля, однако художник сыграл немалую роль в рождении стиля модерн, тесно связанного с архитектурой и интерьерами. Врубелю доводилось оформлять интерьеры не только в качестве живописца: он создавал и витражи, и декоративную скульптуру, показанную в этом же зале.