Зинданом на Востоке называли подземную тюрьму. Согласно комментарию Василия Верещагина в каталоге выставки, она представляла собой яму, «в которую спускали по веревке через небольшое отверстие», прикрытое, как правило, решеткой. По воспоминаниям художника, русских военнопленных в Туркестане также держали в зинданах. Бухарцы требовали от них перейти в мусульманство, обещая в этом случае выпустить из заключения. Православные, отказавшиеся сменить веру, подвергались пыткам и казни. Со вступлением русских войск в Самарканд зинданы были засыпаны землей.

Во время своего первого путешествия в Туркестан (1867–1868) в качестве военного художника Верещагин присутствовал при освобождении военнопленных из зиндана под Самаркандом: «Когда я спустился в эту мрачную тюрьму, мне едва не сделалось дурно от зловонного гнилого воздуха, и я с трудом мог сделать свой набросок. И тут-то узники оставались больше десяти лет…». Очевидно, автор упоминал о карандашном наброске (Национальный музей Киевская картинная галерея). Но живописный эскиз самаркандского зиндана был выполнен в той же поездке.

Этюд написан на холсте небольшого размера. В правой его части в центре освещенного круга изображен темный силуэт заключенного. Он не отчаялся, поднимая взгляд к солнцу в надежде на освобождение. На заднем плане едва виднеются очертания остальных узников зиндана. Зрителю сложно понять, живы ли они или это уже остывшие тела.

В Мюнхене художник написал по этому эскизу большое одноименное полотно, позднее вошедшее в состав Туркестанской серии и приобретенное Павлом Третьяковым. На сохранившихся фотографиях Третьяковской галереи с изображением залов Верещагина 1902 года видно, что коллекционер уделял значительное внимание картине «Самаркандский зиндан» (1873). Композиция ее несколько изменена, более четко прописаны фигуры сидящих узников на дальнем плане. Рядом со стоящим русским солдатом изображен умирающий от истощения мужчина. Автор показывает, что и бухарцы, и русские пленные находились в одном подземелье, и, похоже, никто, кроме молящегося на свет мужчины, уже не верил в освобождение. Картина экспонировалась в Третьяковской галерее почти вровень с полом, и перед ней, для создания атмосферы Востока, были разостланы два узбекских ковра, усиливающих контраст между теплом и уютом выставочного зала и сыростью и смрадом подземелья, изображенного на полотне. В 1929 году крупноформатное произведение, несмотря на завещание художника о нераздельности Туркестанской серии, было передано в Государственный музей искусств Узбекистана. Эскиз хранится в Третьяковской галерее.